К сожалению, в последней версии ISPManager нету галочки в настройках веб-домена, чтобы убрать дефолт редирект. Это нужно, например для админки cms modx. Делается, это очень просто. А именно так:
Заходим в конфиг файл apache домена и прописываем в секции VirtualHost следующее:
Alias /manager/ /var/www/user/data/www/domain.com/manager/
В данном случае — domain.com — это ваш домен.
Это работает как просто для Apache, так и для связки Apache + nginx.